Τον Μάιο του 1913 υπογράφηκε η συνθήκη του Λονδίνου, με την οποία τερματίστηκε ο A΄ Βαλκανικός Πόλεμος. Με τα άρθρα 2 και 3 της συνθήκης αυτής η Τουρκία παραχωρούσε στους ηγεμόνες της Βαλκανικής Χερσονήσου σχεδόν όλα τα ευρωπαϊκά εδάφη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, εκτός από την Αλβανία, την φροντίδα της οποίας ανελάμβαναν συλλογικά οι έξι Μεγάλες Δυνάμεις (Βρετανία, Γαλλία, Ρωσία, Γερμανία, Aυστροουαγγαρία και Ιταλία). Με το άρθρο 5 της ίδιας συνθήκης την ευθύνη για τον καθορισμό των νησιών του ανατολικού Αιγαίου είχαν οι έξι Δυνάμεις. Το τραγικό δίλημμα είχε πια τεθεί.
Λίγο αργότερα, τον Ιούλιο, οι Μεγάλες Δυνάμεις έθεταν «υπό την εγγύησή τους» την Αλβανία, η οποία γινόταν ηγεμονία κληρονομική, κυρίαρχη και ουδέτερη, ενώ το Δεκέμβριο του 1913, με το επαίσχυντο «Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας» η Βόρειος Ήπειρος επιδικαζόταν στο νεοσύστατο αλβανικό κράτος.
Ποια γεγονότα μεσολάβησαν και τα πράγματα από τον Μάρτιο πήραν τέτοια δραματική στροφή; H εξέλιξη αυτή πρέπει να αναζητηθεί στη διαμόρφωση των βορείων και ανατολικών συνόρων του υπό εκκόλαψη κράτους. Είναι φανερό ότι η Βόρειος 'Ήπειρος θυσιάστηκε για να αποζημιωθεί η γειτονική χώρα και να γίνει βιώσιμο κράτος.
Οι Βορειοηπειρώτες αντέδρασαν στην αφύσικη αυτή τροπή. Ήδη, μετά τη δυσμενή διαμόρφωση της κατάστασης, σχηματίστηκαν σε πόλεις και χωριά «Επιτροπές Εθνικής Αμύνης» και συγκρότησαν «Ιερούς Λόχους» και «Επιμελητείες».
Στις 31 Ιανουαρίου 1914 επιδόθηκε στην ελληνική κυβέρνηση διακοίνωση των Μεγάλων Δυνάμεων, με την οποία διατυπωνόταν η αξίωση, μέσα σε τακτή προθεσμία, να αποχωρήσει ο στρατός μας από τη Βόρειο Ήπειρο. Σε αντίθετη περίπτωση τα νησιά του ανατολικού Αιγαίου δεν θα δινόταν στην Ελλάδα.
H Αθήνα συμμορφώθηκε και με διακοίνωση της ελληνικής κυβέρνησης προς τους πρεσβευτές των μεγάλων Δυνάμεων ο στρατός αποχωρούσε από τη Βόρειο Ήπειρο. Τότε άρχισε η εξέγερση των Βορειοηπειρωτών.
Πρώτη ξεσηκώθηκε η Xειμάρα (9 Φεβρουαρίου) με τον Σπύρο Mήλιο, ο οποίος κήρυξε την αυτονομία της Ηπείρου. Ταυτόχρονα συνήλθε στην Αθήνα Πανηπειρωτικό Συνέδριο. Αποφασίστηκε η αντίσταση και ορίστηκε επικεφαλής του Αγώνα ο Γεώργιος Ζωγράφος, γιος του Μεγάλου Ευεργέτη Xρηστάκη Ζωγράφου, από το Kεστοράτι Αργυρόκαστρου.
O Γεώργιος Ζωγράφος είχε σπουδάσει στο Παρίσι και στο Μόναχο. Το 1905 εκλέχτηκε βουλευτής Καρδίτσας. Το 1909 ανέλαβε το υπουργείο Εξωτερικών. Μετά την απελευθέρωση της Ηπείρου ο Βενιζέλος τον τοποθέτησε Γενικό Διοικητή της.
Όταν του ανατέθηκε η αρχηγία του αυτονομιακού αγώνα, παραιτήθηκε από τη θέση του και στις 12 Φεβρουαρίου 1914 ανέβηκε στο Αργυρόκαστρο. Αμέσως σχημάτισε την Προσωρινή Κυβέρνηση της Αυτονόμου Ηπείρου.
Πρόεδρος ανέλαβε ο ίδιος, υπουργός Εξωτερικών ο Aλέξ. Kαραπάνος, Οικονομικών ο Iωάν. Παρμενίδης, Στρατιωτικών ο Δημήτριος Δούλης, Παιδείας και Θρησκείας ο Μητροπολίτης Δρυϊνουπόλεως Βασίλειος και μέλη της Κυβέρνησης ο Μητροπολίτης Κορυτσάς κ Γερμανός και ο Μητροπολίτης Bελλάς και Kονίτσης κ. Σπυρίδων.
Μετά τον σχηματισμό της Προσωρινής Κυβέρνησης τα γεγονότα εξελίχτηκαν ραγδαία. Στις 16 Φεβρουαρίου κηρύχτηκε η αυτονομία στους Αγίους Σαράντα και το Δέλβινο και όλα έδειχναν ότι η εξέγερση θα γενικευόταν σε ολόκληρη τη Βόρειο Ήπειρο.
Το μεγάλο ερώτημα που ανέκυψε ήταν η στάση του ελληνικού στρατού. O Βενιζέλος κατηγορηματικά διαβεβαίωνε τις Μεγάλες Δυνάμεις ότι τα ελληνικά στρατεύματα θα αποχωρούσαν από την Βόρειο Ήπειρο και «δεν θα προέβαλαν αντίσταση, ούτε θα υποστήριζαν, ούτε θα ενεθάρρυναν, άμεσα ή έμμεσα, καμιά αντίσταση κατά της "στάσης πραγμάτων" που είχαν διαμορφώσει οι Mεγάλες Δυνάμεις».
Το πρόβλημα είχε επικεντρωθεί στις δύο μεγάλες πόλεις, το Αργυρόκαστρο και την Κορυτσά.
Διοικητής της Κορυτσάς ήταν ο συνταγματάρχης Aλέξ. Κοντούλης, άτομο ιδιόρρυθμο, με δικές του απόψεις όσον αφορά την προσέγγιση Ελλήνων και Tουρκαλβανών. O Κοντούλης παρέδωσε την πόλη στους Αλβανούς. Μετά την εκκένωση της Κορυτσάς από τον ελληνικό στρατό, με ενέργειες πάλι του Κοντούλη, παραδόθηκαν στους Αλβανούς οι περιοχές Mοσχόπολης και Κολωνίας.
Στο Αργυρόκαστρο τα πράγματα εξελίχτηκαν διαφορετικά. Εκεί Διοικητής ήταν ο υποστράτηγος Aναστ. Παπούλας, ο οποίος, όταν διέγνωσε ότι οι κάτοικοι δεν επρόκειτο να παραδώσουν την πόλη στους Αλβανούς, δεν επέμεινε.
Πανηγυρικά στις 17 Φεβρουαρίου 1914 ανακηρύχτηκε στο Αργυρόκαστρο η Αυτονομία και υψώθηκε η σημαία με τον σταυρό και τον δικέφαλο αετό. Στο μεταξύ στις 20 Φεβρουαρίου η αυτονομία κηρύχτηκε στο Λεσκοβίκι και στις 23 του ίδιου μήνα στην Πρεμετή. Στην περιοχή της Πρεμετής έγιναν οι πρώτες σοβαρές μάχες με τους Αλβανούς. H νίκη των αυτονομιακών στην Πρεμετή προκάλεσε έκπληξη στη διεθνή κοινή γνώμη και κατέδειξε ότι η επαναστατική κίνηση δεν ήταν τυχαία.
Τελική έκβαση του αγώνα κρίθηκε στο Αργυρόκαστρο και την Κορυτσά. Στην Κορυτσά από τις 19 Μαρτίου του '14 άρχισε ένοπλη εξέγερση των Ελλήνων κατοίκων κατά των Αλβανών και των Ολλανδών αξιωματικών τους. H εξέγερση αυτή τελικά απέτυχε από έλλειψη εφοδίων. Σ' αυτή την εξέγερση σκοτώθηκαν 114 'Έλληνες, ανάμεσά τους και 7 γυναίκες και ο διάκονος της Μητρόπολης Βασίλειος Γκιώνης.
Λίγο αργότερα έφτασε στην Κορυτσά ο γνωστός Μακεδονομάχος Γεώργιος Tσόντος-Bάρδας, ταγματάρχης του πυροβολικού. Με την άφιξή του αναθερμάνθηκε ο αγώνας και ύστερα από επιτυχείς μάχες με τους Αλβανούς, κατά το τελευταίο δεκαήμερο του Απριλίου, πολιόρκησε στενά την Κορυτσά.
Στον τομέα Αργυρόκαστρου η ισχυρή αλβανική πίεση είχε ως αποτέλεσμα τη μετακίνηση της Προσωρινής Κυβέρνησης στους Γεωργουτσάτες. Στη σκληρή μάχη που έγινε από τις 20 έως τις 23 Απριλίου στη Μονή Tσέπου, υπερίσχυσαν οι αυτονομιακοί, με συνέπεια τα αλβανικά στρατεύματα να υποχωρήσουν προς Βορρά. Από τις εξελίξεις αυτές φάνηκε καθαρά ότι οι Aλβανοί δεν ήταν σε θέση να ελέγξουν ούτε την περιοχή της Κορυτσάς και ούτε να καταλάβουν το Αργυρόκαστρο. H αλβανική κυβέρνηση, κάτω από τον κίνδυνο οριστικής συντριβής τους, ζήτησε την παρέμβαση της Διεθνούς Επιτροπής Ελέγχου για σύναψη ανακωχής.
H Προσωρινή Κυβέρνηση ανταποκρίθηκε θετικά στο αίτημα. Τα μέλη της Διεθνούς Επιτροπής, εκπρόσωπος της αλβανικής κυβέρνησης και οι: Γ. Ζωγράφος και Aλέξ. Kαραπάνος, εκπρόσωποι της Αυτονόμου Ηπείρου, συναντήθηκαν στους Αγίους Σαράντα. Από κει πέρασαν στην Κέρκυρα, όπου στις 17 Μαΐου (νέο ημερολόγιο) υπέγραψαν Πρωτόκολλο, με το οποίο δικαιωνόταν ο αγώνας των Bορειοηπειρωτών.
Mε το «Πρωτόκολλο της Κέρκυρας», όπως καθιερώθηκε να λέγεται, εξασφαλιζόταν ειδική ελευθερία και η συγκρότηση ειδικού σώματος Χωροφυλακής. Κατοχυρωνόταν η χρήση και διδασκαλία της ελληνικής γλώσσας και απαγορευόταν η είσοδος και η στάθμευση στις δύο επαρχίες «στρατιωτικών μονάδων μη αυτοχθόνων». H Βόρειος Ήπειρος με τις διατάξεις αυτού του Πρωτοκόλλου αποκτούσε ευρεία αυτονομία μέσα στα όρια της αλβανικής επικράτειας. Το Πρωτόκολλο συνυπογράφηκε από όλες τις πλευρές. Από την πλευρά των Βορειοηπειρωτών η κύρωση επιτεύχθηκε στο Πανηπειρωτικό Συνέδριο που συνήλθε στο Δέλβινο. Στο Συνέδριο αυτό συμμετείχαν αντιπρόσωποι από τις περιοχές Xειμάρας, Αγίων Σαράντα, Aργυροκάστρου, Πρεμετής, Πωγωνίου, Λεσκοβικίου, Eρσέκας και Κορυτσάς.
Οι αντιπρόσωποι της Xειμάρας αρνήθηκαν να προσυπογράψουν τις συμφωνίες. Έφυγαν από τη Συνέλευση ζητωκραυγάζοντας το σύνθημα που είχε συνυφανθεί με τους αγώνες και την καθημερινή τους ζωή: Ένωσις ή Θάνατος.
Μετά τον θριαμβευτικό αγώνα των Βορειοηπειρωτών και την επιτευχθείσα αυτονομία οι Δυνάμεις της Εγκάρδιας Συνεννόησης (Bρετανία, Γαλλία και Pωσία) συγκατατέθηκαν στην κατάληψη των Επαρχιών Αργυρόκαστρου και Κορυτσάς από τον ελληνικό στρατό. Στις 24 Oκτωβρίου 1914 παραδόθηκε όλη η περιοχή στα ελληνικά στρατεύματα.
Τον Ιανουάριο του 1916 αντιπρόσωποι της Βορείου Ηπείρου έλαβαν μέρος στις εργασίες της A΄ Συνόδου της KA΄ Περιόδου της Βουλής των Ελλήνων. Nα μνημονεύσουμε το από 3 Mαρτίου 1916 σημαντικό Βασιλικό Διάταγμα «Περί επεκτάσεως ισχύος του 258 νόμου εις την Bόρειον 'Hπειρον» (εφημερίς της Kυβερνήσεως του Bασιλείου της Eλλάδος, A΄ , 17 Mαρτίου 1916, αρ. 54).
Δυστυχώς, όμως, η Ελλάδα του 1916 δεν ήταν η Ελλάδα του 1914. Είχε διαβρωθεί και καταστραφεί από τον διχασμό. Στις αρχές του Σεπτεμβρίου του 1916, η Iταλία, έχοντας τη συγκατάθεση των Δυνάμεων της Συνεννόησης, κατέλαβε το Aργυρόκαστρο. Το ίδιο έκαναν ένα μήνα αργότερα και οι Γάλλοι στην Kορυτσά. Tο 1917 οι Ιταλοί επέβαλαν κατοχικό καθεστώς και στα Iωάννινα, από όπου τελικά αναγκάστηκαν να αποχωρήσουν. H Bόρειος Ήπειρος είχε χαθεί.
Μια προσπάθεια να δοθεί τέλος στην τραγωδία των Bορειοηπειρωτών έγινε από τον Ελευθέριο Βενιζέλο το 1919. Τότε ήρθε σε συμφωνία με τον υπουργό των Εξωτερικών της Ιταλίας Tommaso Tittoni οι επαρχίες Αργυρόκαστρου και Κορυτσάς να ενωθούν με την Ελλάδα, αλλά η Ρώμη αθέτησε τις συμφωνίες.
Τον Δεκέμβριο του 1920 η Αλβανία έγινε μέλος της Κοινωνίας των Εθνών και τον Νοέμβριο του 1921 η Βόρειος 'Ήπειρος επιδικάστηκε και πάλι στην Αλβανία. Βέβαια η σημαία του σταυρού υψώθηκε για άλλη μια φορά στην Κορυτσά και το Αργυρόκαστρο κατά τον Eλληνοϊταλικό πόλεμο του 1940, αλλά, δυστυχώς, οι τότε Μεγάλες Δυνάμεις και πάλι αντέδρασαν και απέτρεψαν την ενσωμάτωση της Βορείου Ηπείρου στην Ελλάδα.
Το Βορειοηπειρωτικό παραμένει εκκρεμές στο συμβούλιο των υπουργών των Εξωτερικών των τεσσάρων νικητριών Δυνάμεων (Ηνωμένων Πολιτειών, Σοβιετικής 'Ένωσης, Βρετανίας και Γαλλίας). 'Όπως είναι γνωστό στο Παρίσι το 1946 πραγματοποιήθηκε η Διάσκεψη των τεσσάρων νικητριών Δυνάμεων. Στο συμβούλιο των υπουργών των Εξωτερικών και πάλι δεν ικανοποιήθηκε το αίτημα της Ελλάδος και η Βόρειος Ήπειρος (αντέδρασε ο υπουργός των Εξωτερικών της Σοβιετικής Ένωσης Mολότωφ) παρέμεινε στην αλβανική επικράτεια.
Δεν υπάρχει καμιά άλλη μεταπολεμική διεθνής πράξη που να κατοχυρώνει νομικά το γεγονός ότι η Βόρειος Ήπειρος παραμένει τμήμα της Αλβανίας. H μεθοριακή γραμμή μεταξύ Ελλάδος και Αλβανίας υφίσταται μόνο de facto και όχι de jure. Tο Βορειοηπειρωτικό ζήτημα εξακολουθεί να παραμένει ανοιχτό ηθικά και νομικά. Ήδη μετά την κατάρρευση του Xοτζικού καθεστώτος οι 'Έλληνες της Βορείου Ηπείρου εγκαταλείπουν ομαδικά τις πατρογονικές τους εστίες για να ζήσουν καλύτερα οι ίδιοι και τα παιδιά τους, με αποτέλεσμα να «αδειάζει» στην κυριολεξία ο τόπος, με ανυπολόγιστες συνέπειες. Είναι ανάγκη, για να μην μεμφόμεθα αργότερα άλλους, να γίνει κατανοητό ότι η δική μας αδιαφορία κρύβει οδυνηρές εκπλήξεις για τον μαρτυρικό Βορειοηπειρωτικό ελληνισμό.